Născut în anul 1968, Jean-Philippe Wurtz a studiat la Conservatorul Național din Regiunea Strasbourg, unde a obținut premiile întâi la secțiunile pian, muzică de cameră, analiză, armonie și contrapunct. A avut o colaborare strânsă cu Jean-Louis Haguenauer în perioada studiilor, iar ulterior a devenit asistentul acestuia în anul 1993.
Jean-Philippe Wurtz și-a continuat studiile la Karlsruhe Musikhochschule și a beneficiat de îndrumarea lui Ernest Bour, pe care l-a cunoscut la Strasbourg. În același timp, a fost admis la Institutul Internațional Eötvös, unde a studiat cu însuși Péter Eötvös. A dirijat ansamblurile Asko, Modern și Contrechamps, în special în timpul sesiunile din Szombathely, Ungaria și pentru Centrul Acanthes din Franța. După ce a lucrat ca asistent al lui Kent Nagano și Péter Eötvös, a înființat ansamblul Linea, dedicat muzicii contemporane, în anul 1998.
Între anii 1997 și 2000, a fost director de studii muzicale la Operele din Montpellier și asistent principal al Orchestrei Montpellier Languedoc-Roussillon, unde a lucrat cu dirijori precum Friedemann Layer, Armin Jordan, Stuart Bedford și regizori precum Robert Carsen, Daniel Mesguich, Alfredo Arias și Jacques Nichet, pentru a numi doar câțiva.
De-a lungul carierei sale, a dirijat următoarele orchestre și ansambluri: Ensemble Modern, Ensemble Linea, Kammerensemble Neue Musik Berlin, Ensemble Plural, Ensemble Smash, Ensemble Accroche Note, Orchestre National des Pays de Loire, Orchestre National de Bordeaux‑Aquitaine, Ensemble Intermodulacio, Ensemble Alternance, Ensemble Oh-ton, Ensemble Talea, Orchestre National de Montpellier, Philharmonia Orchestra, ECCE etc.
A fost invitat frecvent la următoarele festivaluri muzicale: Strasbourg (Musica), Montpellier (Radio-France), Budapesta (Festivalul de Toamnă), Bruxelles (Ars Musica), Huddersfield (HCMF), Madrid, București, Victoria, Darmstadt (Ferienkursen), Buffalo (June in Buffalo), New York (Lincoln Center), Royaumont Foundation (Franța), Seul (ACL) etc.
Angajamentul său față de predarea muzicii a dus la apariția unor colaborări regulate cu școlile de muzică (Musikhochschulen) din Bremen, Essen, Karlsruhe (Germania), Conservatoire National Supérieur de Musique et Danse din Paris, Haute Ecole des Arts du Rhin, Conservatorul din Strasbourg și Fundația Eötvös din Ungaria.
Ca dirijor, a condus numeroase premiere, dintre care amintim lucrări de Klaus Huber, Péter Eötvös, Brian Ferneyhough, Michael Jarrell, Wolfgang Rihm, Younghi Pagh-Paan, Unsuk Chin, Raphaël Cendo, Francesco Filidei, Alberto Posadas, Mark André, Frédéric Durieux etc.
În luna septembrie 2015, a fost numit director artistic al programului Voix Nouvelles al Fundației Royaumont.
