Magdalena Kožená s-a născut în orașul ceh Brno și a studiat canto și pian la Conservatorul din Brno și mai târziu cu Eva Blahová la Academia de Arte ale Spectacolului din Bratislava. A primit mai multe premii importante atât în Republica Cehă, cât și la nivel internațional, culminând cu al VI-lea Concurs Internațional Mozart de la Salzburg în 1995.
Ea a semnat cu casa de discuri Deutsche Grammophon în 1999 și a lansat imediat primul ei album de arii Bach sub egida Archiv. Înregistrarea recitalului ei de debut, un album de cântece de Dvořák, Janáček și Martinů, a apărut sub egida Deutsche Grammophon în 2001 și a fost onorată cu premiul vocal solo al Gramophone. Ea a fost desemnată Artistul Anului de către Gramophone în 2004 și a câștigat numeroase alte premii de atunci, inclusiv Echo Award, Record Academy Prize, Tokyo și Diapason d’or. Cele mai recente lansări pentru Deutsche Gramophon au inclus „Monteverdi” cu La Cetra Baroque Ensemble (2016), „Prayer” pentru voce și orgă cu Christian Schmidt (2014), „Love and Longing” cu Berliner Philharmoniker și Sir Simon Rattle (2012). Albumul „Cole Porter” înregistrat alături de Ondřej Havelka și Melody Makers a apărut sub egida proprie a Magdalenei, Brnofon, în 2017, iar cele mai recente două CD-uri au fost lansate sub egida casei olandeze de discuri Pentatone în 2019.
Kožená a lucrat cu mulți dintre dirijorii de talie mondială, precum Claudio Abbado, Pierre Boulez, Gustavo Dudamel, Sir John Eliot Gardiner, Bernard Haitink, Nikolaus Harnoncourt, Mariss Jansons, James Levine, Sir Charles Mackerras și Sir Roger Norrington. Lista sa de parteneri distinși de recital include pianiștii Daniel Barenboim, Yefim Bronfman, Malcolm Martineau, András Schiff și Mitsuko Uchida, cu care a cântat în locuri prestigioase precum Carnegie Hall, Wigmore Hall, Alice Tully Hall și Amsterdam Concertgebouw, și la festivalurile Aldeburgh, Edinburgh și Salzburg. Înțelegerea lui Kožená a metodelor de interpretare istorică a fost cultivată în colaborare cu ansambluri remarcabile de instrumente de epocă, printre care English Baroque Soloists, Gabrieli Consort and Players, Il Giardino Armonico, Les Musiciens du Louvre, Orchestra of the Age of Enlightenment, Venice Baroque Orchestra și Le Concert d’Astrée. De asemenea, este solicitată ca solistă la Filarmonicile din Berlin, Viena și Cehia și orchestrele Cleveland, Philadelphia și Royal Concertgebouw.
Kožená a cântat pentru prima dată la Festivalul de la Salzburg în 2002 ca Zerlina în Don Giovanni și a revenit în 2013 ca Idamante, rol pe care l-a interpretat și pentru Festivalul Glyndebourne și la Berlin și Lucerne. Kožená și-a făcut prima apariție la Metropolitan Opera din New York în 2003 ca Cherubino în Le nozze di Figaro de Mozart și de atunci a fost invitată în mod regulat să revină. Ea a interpretat rolul Zerlinei pentru turneul din Japonia în 2006 și s-a întors la New York pentru a prelua rolul principal în producția lui Jonathan Miller a lucrării Pelléas et Mélisande de Debussy în 2010/11. Printre aparițiile sale în spectacole de operă se numără, de asemenea, Angelina în La Cenerentola de Rossini (Royal Opera House, 2007), Oktavian în Der Rosenkavalier de Richard Strauss (Berlin Staatsoper, 2009 și Baden Baden Easter Festival, 2015), rolul principal în Carmen de Bizet (Salzburg Easter and Summer Festivals, 2012), Médée de Charpentier (Basel Opera 2015), Juliette de Martinů (Berlin Staatsoper, 2016), Magueritte în La Damnation de Faust de Berlioz (Berlin Staatsoper, 2017), Phaidre în Hippolyte et Aricie de Rameau (Berlin Staatsoper, 2018 ) sau Lady Macbeth în noua operă Macbeth Underworld de Dusapin (La Monnaie, Bruxelles, 2019/20).
Kožená a fost numită Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres de guvernul francez în 2003 pentru serviciile acordate muzicii franceze.
Datorită restricțiilor din perioada pandemiei de coronavirus, nu a avut loc nici premiera noii producții Idomeneo de Mozart la Staatsoper din Berlin, nici turneul de swing cu Ondřej Havelka și Melody Makers. Cu toate acestea, în iulie Magdalena va apărea ca The Waitress în premiera mult așteptată a noii opere de Kaija Saariaho. A cincea lucrare operatică a acestui compozitor finlandez, intitulată Innocence, va fi pusă în scenă la celebrul Festival de Teatru din Aix-en-Provence.
